インストーラ作成時に、起動条件としてWindowsインストーラ3.0を含めたいのですが、どのように設定すればよろしいのでしょうか？
よろしくお願いします。
開発：VB.net
インストーラの作成に何を使っていますか。
VB.netと書かれているので，Visual Studio.NETまたは同2003のセットアッププロジェクトだとは思うので，それを前提に書きます。
Windows Installerのバージョン情報は，VersionMsiプロパティに含まれます。
MSDN: VersionMsi Property (Windows)
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa372493.aspx
なので，
Condition : VersionMsi >= "3.0"
である起動条件を追加すればよいと思います。