別アプリのキャレット（入力するときのフォーカス）が
移動したことを認識することってできますでしょうか？
単純にキャレット位置の値が変わっていればよいのですが。
具体的な説明がないのでとりあえず案だけ。
（１）Windowsのメッセージを監視する
Spy++みたいにしてWindowsのメッセージ処理を監視する
（２）別アプリ側から教えてもらう
別アプリのマクロ機能を使って自アプリへの通知機能を実装する
別アプリを改造して自アプリへの通知機能を実装する
（３）別アプリを使わない
別アプリと同等の機能を持った自前のアプリにする