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本文 ::Sleep(0) にするとか、 ::SetThreadPriority(::GetCurrentThread(), THREAD_PRIORITY_IDLE) を サブスレッドの最初で呼んでみるとかどうでしょうか。 あとはメインスレッドで ::SetThreadAffinityMask(::GetCurrentThread(), 1) として、 サブスレッドで ::SetThreadAffinityMask(::GetCurrentThread(), 2) とすれば、 マルチコア CPU で効率が良くなるのかもしれないです。