SetForegroundWindow でアクティブにならない場合には？ (ID:111750)

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まず、SDKでSetForegroundWindowについて調べてみてください。
フォアグラウンドウィンドウを設定可能な条件が書かれています。

Win95/NT4までは、SetForegroundWindowだけでフォアグラウンドウィンドウを
切り替えられましたが、Win98/2000移行では、切り替え可能なプロセスは、
システムにより制限されるようになっています。

# メニュー選択や文字の入力中に、勝手にウィンドウが切り替えられてしまい、
# 作業中の処理が中断してしまうことを防ぐための仕様変更です。

で。処理の流れとしては、おそらくこんな感じになると思います。
手元にVB6が無いので、デバッグしておらず、処理のイメージだけでしか
書けませんが、特攻隊長まるるうさんなら、感じは掴めるかと思います。

'=========================
'現在ユーザーが作業しているウィンドウを取得
h = GetForegroundWindow()

'フォアグラウンドウィンドウを作成したスレッドのIDを取得
ThreadID1 = GetWindowThreadProcessId(h, ByVal 0&)

'目的のウィンドウを作成したスレッドのIDを取得
ThreadID2 = GetCurrentThreadId()

'現在の入力状態を目的のスレッドにアタッチ
AttachThreadInput ThreadID2, ThreadID1, 1

'現在の[フォアグラウンド ロック タイムアウト]の設定を取得
SystemParametersInfo SPI_GETFOREGROUNDLOCKTIMEOUT, 0, VarPtr(buf), 0

'設定を 0ms に変更
SystemParametersInfo SPI_SETFOREGROUNDLOCKTIMEOUT, 0, ByVal 0&, 0

'ようやく、本命の処理のお出まし
SetForegroundWindow hWnd

'設定を元に戻して…
SystemParametersInfo SPI_SETFOREGROUNDLOCKTIMEOUT, 0, VarPtr(buf), 0

'デタッチしておしまい
AttachThreadInput ThreadID2, ThreadID1, 0

←解決時は質問者本人がここをチェックしてください。