タイトルでは意味がわからないと思います＾＾；
やりたいことはゲームを2種類起動(格闘ゲーム以下Aとアドベンチャーゲーム以下B)して、横に並べてPAD操作はA、キーボード操作はBのようにやりたいと思っております
通常Aがアクティブで全面にきている場合、PAD操作とキーボード操作の両方がAにいってしまいます、PADをA キーボードをBのような事が実際問題可能なのでしょうか？
対応したいアプリが自分で作ったアプリケーションなら問題なくできます。
まったく他人の作ったアプリケーションの場合、仮想キーコードを受け付けるのであればこれまた容易だと思います。キーを受けるアプリを作成してそこから二つのアプリケーションにキーコードを送ればよいため。
（オンラインゲームはまず仮想キーコードを受け付けません）
そもそもWindowsのデスクトップは一人操作用の環境のためなにか特殊な細工をしない限り目的の動作は達成できません。