「VB2005でClickOnceアプリをロールバックさせるには」という記事を参考に、発行済みの旧バージョンへのバージョンダウンを試してみたのですが
（http://www.atmarkit.co.jp/fdotnet/dotnettips/526clickoncerollback/clickoncerollback.html）
ソリューションプロパティの発行タブ「更新」ボタンから表示される
「このアプリケーションに最低限必要なバージョンを指定してください」
のところを毎回最新バージョンに指定しているためなのか、バージョンダウンできません。
（「最低限必要なバージョン」を指定しないと、自動更新のダイアログをユーザーがスキップできてしまいます）
古いソースから再発行する以外で、バージョンダウンする方法はないものでしょうか？
「最低限必要なバージョン」というのは、
ロールバック可能な最低バージョン、と位置づけておいた方が良いかと。
> 古いソースから再発行する以外で、バージョンダウンする方法はないものでしょうか？
恐らくは、再発行が必要になると思いますよ。